История создания госпиталя уходит в начало ХХ века, когда в 1924 году на базе отряда специального назначения (ОСНАЗ) была сформирована дивизия особого назначения и при ней развернут приемный покой на базе 3-го полка. До настоящего времени госпиталь неоднократно менял структуру и название, что отвечало стоящим задачам того времени.
13 января 1931 года Приказом ОГПУ на базе приемного покоя был сформирован войсковой лазарет.
13 июня 1941 года Приказом НКВД войсковой лазарет переименован в дивизионный госпиталь.
14 марта 1942 года госпиталь переформирован в Отдельный медико-санитарный батальон ВВ НКВД.
45 медработников ОМСБ принимали участие в обеспечении Первомайского парада на Красной площади в 1945 году, а 52 военнослужащих МСБ обеспечивали парад Победы 24 июня 1945 года на Красной площади и физкультурный парад 12 августа 1945 года.
20 февраля 1948 года на базе медсанбата Приказом МГБ СССР был сформирован "Военный госпиталь" с местом дислокации на Покровском бульваре в г. Москве.
В 1948 году военный госпиталь выполняет одновременно функции дивизионного госпиталя и Центрального военного госпиталя ВВ МГБ СССР.
19 мая 1960 года Приказом МВД РСФСР госпиталь передислоцирован в г. Реутово-1 Московской области.
В ноябре-декабре 1964 года госпиталь размещен в новом здании и переформирован в войсковую часть 3178 с дислокацией в г. Реутово-3 Московской области.
22 февраля 1967 года Военный госпиталь ОМСДОН МВД РСФСР переименован в Центральный военный госпиталь ВВВиКО Министерства охраны общественного порядка СССР.
В 1980 году штат переформирован в Центральный военный госпиталь ВВ МВД.
История госпиталя неотделима от истории страны и её Вооружённых Сил. После аварии на Чернобыльской АЭС в апреле 1986 года сотрудники госпиталя оказывали помощь лабораторной службе Украинской ССР, военнослужащим ВВ, участвовавшим в ликвидации последствий катастрофы.
В 1989 году личный состав госпиталя принимал участие в ликвидации последствий землетрясения в Армянской ССР. Военные врачи госпиталя в 80-е годы выполняли свой долг и в составе ограниченного контингента наших войск в Афганистане.
24 июня 1995 года приказом МВД России госпиталь реформирован в Центральный военный клинический госпиталь ВВ МВД России и введены подразделения обеспечения.
15 июля 1996 года приказом МВД России госпиталь реформирован в Главный военный клинический госпиталь ВВ МВД России. И состоит из управления, 38 лечебно-диагностических отделений, 3 центров, подразделений обеспечения и обслуживания.
В настоящее время ГВКГ ВВ МВД России -
многопрофильное лечебно-профилактическое учреждение, обеспечивающее
квалифицированную и специализированную медицинскую помощь военнослужащим
внутренних войск и членам их семей, а также сотрудникам и пенсионерам
МВД. Это головной научно-методический центр в системе медицинской службы
внутренних войск.